A hatékony tisztítás és fertőtlenítés a szerviz- és termelési időszak során csökkenti a patogén mikroorganizmusok számát, így kiemelkedő szerepet játszik a súlyos megbetegedések elleni küzdelemben. Az állományváltások közötti periódusokban elvégzett tisztítás és fertőtlenítés tulajdonképpen az épületekre, berendezésekre, ivóvízrendszerre, járművekre és a telep külső környezetére terjed ki.

A farm kívánatos higiéniai státusza csak igazoltan széles hatásspektrumú (virucid, baktericid, fungicid) vegyszerek használatával valósítható meg a felhasználásra vonatkozó gyártói utasításokat figyelembe véve. Kizárólag hatósági engedéllyel rendelkező és a környezetben biológiailag lebomló termékek használata javasolt.